Migren cerrahisi hastanede yatarak veya aynı gün taburcu olacak şekilde planlanabilir. Bu durum ameliyat edilecek tetikleyici bölge sayısına göre belirlenir.Aynı şekilde tetikleyici bölge sayısına bağlı olarak ameliyatın süresi 1 ile 4 saat arasında değişir.

Alından başlayan migren için saç içinden “endoskopik” yolla veya “transpalpebral” adı verilen üst göz kapağı kıvrımından girilerek “supraorbital” ve “supratrochlear” sinirler dekomprese edilir.(serbestlenir) Bu sinirlerin komşuluğundaki mimik kasları da gevşetilir.Yapılan araştırmalarda gerek endoskopik gerek üst gözkapağı kıvrımı müdahaleleri yakın etkinlikte bulunmuştur.

Alından sonra en sık rastlanılan tetikleyici sinir ense kökünde bulunan oksipital sinirdir. Bu sinir için 6 farklı sıkışma alanı tanımlanmıştır. Operasyon esnasında gerekli serbestleme bölgeleri görülür ve cerrahi işlem tamamlanır.
Diğer tetikleyici sinirler, şakaklar için “zygomatikofrontal” ve “aurikulotemporal” yine ense için “küçük oksipital” sinirdir. Bazı hastalarda baş bölgesinin en büyük duysal siniri olan “trigeminal” sinirin yüzeyel dalları burun kıkırdakları arasında sıkışma ve zedelenmeye maruz kalabilir ve bu durum kronik baş ağrılarına yol açar.

Ameliyatlar için hastalara vurgulanması gereken en önemli husus; bütün cerrahi işlemlerin deri altında ve kemiğin üstünde yapıldığıdır. Ameliyatların beyinle herhangi bir ilgisi yoktur.

Cerrahi kesiler saç içine ve göz kapağına çok iyi gizlenir. İyileşme süreci oldukça hızlıdır. Hastalar bir hafta sürecinde işlerine dönebilir. Hafif yürüyüş egzersizleri ve sosyal aktiviteler 2. haftadan sonra başlatılabilir.